지방교부세 제도는 국가가 지방자치단체의 부족한 지방재정을 지원하고 지방자치단체 간의 재정격차를 완화할 목적으로 용도를 지정하지 않고 재원을 교부하는 제도이다. 국가 전체적으로 보면 지방자치단체가 지방세와 세외수입을 확충하여 자율적으로 지방재정을 운용하는 것이 바람직하다고 할 수 있다. 그러나, 자유롭게 지출할 수 있다는 장점이 있기 때문에 지방자치단체는 지방교부세를 많이 받고 싶어하는 경향이 있다. 즉, 지방자치단체는 부족한 지방재정을 자체적으로 해결하려는 노력을 하기 보다는 지방교부세에 의존하려는 도덕적 해이 현상이 발생할 수 있다.

이러한 이유로, 국가는 지방재정 확보를 위해 지방자치단체가 스스로 노력하도록 지방교부세 제도에 인센티브 요소를 가미하여 운영 중이다. 즉, 지방자치단체가 세출절감 또는 세입확충 노력을 하면 보통교부세를 좀 더 많이 교부하고 노력이 부족하면 보통교부세를 깎는 방식으로 운영하고 있고(보통교부세산식 내 자체노력 반영 제도), 우수한 지방자치단체에 특별교부세 인센티브를 지급하고 있으며(특별교부세 인센티브 제도), 부당·법령위반·태만 등의 사유로 지방자치단체로부터 감액한 지방교부세를 우수한 지방자치단체에 인센티브로 지급하고 있다(감액재원 인센티브 제도).

그러나 현재의 지방교부세 인센티브 제도는 지방자치단체의 노력을 유인하기에는 부족한 여러 가지 문제점을 가지고 있다. 우선, 보통교부세 산식 내 자체노력을 반영하는 방식이 매우 복잡하고, 지방자치단체의 어떤 노력에 따라 보통교부세가 늘어나고 줄어드는지를 직관적으로 파악하기가 어렵다. 자체노력 중에서 인센티브보다 패널티의 규모가 더 크다는 점은 그동안 자체노력이 보통교부세를 감액하는 수단으로 활용되어 왔다는 것을 시사하며, 인센티브와 패널티의 세부내역이 명확하게 공개되지 않고 있다는 한계가 있다. 또한, 특별교부세 인센티브의 규모 및 교부내역이 공개되지 않고 있으며, 감액재원 인센티브가 법률적 근거없이 운영되고 있고 그 배분 기준이 불명확한 실정이다. 이외에, 세 가지 유형의 인센티브를 교부하는 기준 중에 중복되는 기준이 있다. 이러한 점들을 종합해 볼 때, 그동안 행정안전부가 지방교부세 인센티브 제도를 복잡하고 불투명하게 운영해 왔다는 점을 문제점으로 지적할 수 있다.

지방교부세 인센티브 제도의 향후 개선방안을 제시하면, 보통교부세 산식내 자체노력 반영항목을 간소화하고, 자체노력 중에서 인센티브 부분만 분리·독립하여 보통교부세와 별도로 인센티브를 지급하도록 제도를 변경하여 지방자치단체의 노력에 대한 보상의 정도를 명확하게 하는 것이 필요하다. 또한, 인센티브와 패널티의 세부내역을 공개해야 할 것이다. 특별교부세 인센티브의 규모 및 교부내역을 공개하여 인센티브 제도의 투명성을 확보하며, 감액재원 인센티브의 법률적 근거를 마련하고 감액재원 인센티브의 배분 기준을 명확하게 제시하는 것이 필요하다. 중복되는 인센티브 교부 기준을 조정하거나 통폐합하는 방안도 고려해야 할 것이다. 이 외에, 지방교부세 인센티브 제도를 전면적으로 개편하는 장기적인 개선방안을 제시할 수 있는데, 현재 운영 중인 지방교부세 인센티브 제도를 모두 종합하여 별도의 인센티브 제도인 (가칭)성과 교부세 제도를 신설하는 방안을 제안할 수 있다. 성과교부세란, 지방교부세를 교부한 후에 지방재정을 효율적으로 운영한 지방자치단체 또는 우수한 지방자치단체에 별도의 인센티브를 지급하는 방식이다. 또한, 보통교부세 자체노력 산식 내 패널티 부분을 독립시켜서 현행 지방교부세 감액과 통합하여, 별도의 (가칭)감액 지방교부세 제도를 신설하는 방안도 고려할 수 있다.

지방교부세 제도는 지방자치단체 간의 재정격차 완화와 재원보장의 본질적 기능을 수행하면서 지방재정의 책임성과 효율성 확보에 기여할 수 있는 제도로 운영되어야 할 것이다. 지방자치단체가 책임성을 갖고 재정을 효율적으로 운용할 수 있도록 지방교부세 인센티브 제도를 투명하고 체계적으로 개선하는 것이 필요할 것이다.