지방자치단체의 자체감사 결과에 대하여 온정적 처리가 여전히 발생하는 등 자체감사의 내실화가 미흡하고, 감사원 처분요구 및 수사기관의 범죄 통보사항 등 외부감사 및 조사결과 등의 실효성을 확보하기 어렵다는 지적이 지속적으로 제기되고 있다. 감사는 고도의 전문적 판단과 독립성 내지 중립성이 요구되는 만큼 감사의 적정성과 실효성 확보를 위해서는 독립적 감사기구가 마련되어 그에 의해 감사가 이루어지는 것이 가장 효과적이다. 또한, 감사가 경제적 이해관계자뿐만 아니라 국민을 위해 사회의 불공정을 시정·조정하고 사회문제에 대한 대응을 목적으로 하는 제도로 기능할 수 있도록 끊임없이 시스템을 발전시켜 나가야할 것이다.

이 보고서는 우리나라 지방자치단체 자체감사의 현황을 분석하여 그에 대한 문제점과 개선방안을 다음과 같이 제시하고 있다.

첫째, 우리나라 지방자치단체에서의 자체감사기구는 대부분 부기관장 소속으로 되어 있어 감사의 계획이나 결과의 보고에서 독립적인 업무수행에 한계가 있다. 이러한 한계를 극복하기 위해 제주특별자치도의 감사위원회를 모델로 합의제감사기구를 도입하는 지방자치단체가 확대되고 있지만, 감사위원장과 위원들을 기관장이 임명한다는 한계로 인하여 여전히 독립성을 확보하기 어려운 구조이다.따라서 단기적으로는 제주특별자치도의 감사위원회와 같이 독립적인 합의제 행정기구를 확대하고, 중장기적으로는 지방자치단체의 감사에 관한 사항을「지방자치법」에 별도로 규정하거나「(가칭)지방자치단체 감사기구 설립 및 운영에 관한 법률」을 제정하여 감사위원장과 감사위원 선임의 독립성을 강화하는 등 보다 독립적인 감사기구를 설치하는 방안을 검토할 필요가 있다.

둘째, 독립성을 보장하기 위하여 채택한 개방형직위 감사책임자제도가 실질적으로 기능하기 어려운 상황이고, 대부분 동일기관에서 전보형식으로 임명되거나 감사원 출신 공무원이 대다수 임명되어 독립적인 업무수행에 한계를 보이는것으로 나타났다. 따라서 감사기구의 장의 직급과 채용방식은 업무수행의 독립성과 수감기관 감사의 실효성을 확보할 수 있는 수준으로 개선되어야 할 것이며, 감사기구의 장에게 감사담당자 추천권을 부여하여 자체감사의 업무 독립성을 유지할 수 있도록 개선할 필요가 있다.

셋째, 지방자치단체별 감사인력의 편차가 크고 적정감사인력에 대한 기준이 없는 실정이고, 감사의 전문성을 담보할 수 있는 감사직렬이나 전문임기제 인력의 활용이 부족한 상황이다. 따라서 지방자치단체의 적정 감사인력의 수에 대한 기준을 설정하여 감사기능을 보다 철저하게 수행할 수 있도록 할 필요가 있고, 감사기구 구성원의 전문성을 제고하기 위해서는 감사기법의 전문성과 더불어 해당기관의 업무에 빠르게 적응할 수 있도록 하는 제도적 장치가 마련되어야 할 것이다. 한편, 지방자치단체 감사기구에서의 감사인력은 순환보직으로 인한 잦은 인사이동으로 전문성을 강화하기 어려울 뿐만 아니라, 현실적으로 감사담당자에 대한 인센티브 부여가 없기 때문에 감사부서가 기피부서로 전락하여 우수한 인력이 배치되기 어려운 구조이다. 따라서 각 지방자치단체 규칙이나 조례에 감사담당자에 대한 우대조치 조항을 마련하여 우수한 감사공무원 근무경력 가점제도를 의무화하고 승진이나 인사 시에 우대받을 수 있도록 하여 감사담당 직원이 직무에 전념할 수 있는 동기를 부여하는 방안 등으로 우수인력을 유치할 수 있도록 인센티브를 강화할 필요가 있다.

마지막으로 상당수의 지방자치단체가 비상근 시민감사관 또는 옴부즈만을 위촉하여 운용하고 있으나 감사에 참여하는 인원수의 기관별 편차가 크고 그 역할도 감사담당공무원을 보조하는 수준에서 활용되고 있다. 따라서 시민감사관이 실질감사에서 감사담당자로서 역할하도록 전문성 향상을 위한 교육을 실시하고, 적정한 보수 제공 등을 통해 우수한 인력의 유입 및 책무성을 강화하는 방안을 강구하여야 할 것이다. 또한, 감사의 전문성과 공정성 제고 차원에서 외부위탁감사제도의 도입을 검토해야 할 것이다.